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Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)(タンパク質−リガンド間の水素結合や疎水性相互作用の解析を行うサーバー、スタンドアローン版もある)TUTORIALHELPDOWNLOADplip(GitHub)
Screening Explorer(ヴァーチャルスクリーニングの結果を解析するサーバー)
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CSM-lig(小分子リガンドの結合親和性を予測するサーバー、使い方
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ZINCPharmer(ファーマコフォアを探索するサーバー、論文
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OOMMPPAA(リード最適化をアシストするサーバー、スタンドアローン版もある、論文
1-Click Scaffold Hop(スキャフォールドホッピングを行えるサーバー)
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PoseView(タンパク質-リガンド複合体立体構造の2次元描画)
ProteinsPlus(PDBデータの水素付加等,リガンドや水分子にも上手く水素付加してくれる)
PDB2PQR Server(PDBデータの水素付加や静電ポテンシャルの計算等)APBS & PDB2PQR: Electrostatic and solvation properties from complex moleculesCalculating ElectrostaticsVisualizing ResultsGetting Structures ReadyUse GuideExamplesPQRファイルの作成PyMOL > Electrostatic potential静電ポテンシャル表示の簡単なチュートリアルAPBSElectrostatic Potential Surfaces with PyMOLElectrostatics in PyMOLPyMOL-electrostaic surface viewElectrostatics and pKa Tutorial (pdf)Electrostatic surface potential calculation using PDB2PQR and APBS (pdf)
WHAT IF(ドッキング用PDBデータの水素付加等)
PBEQ Solver(PDBデータの静電ポテンシャルの計算を行うサーバー)
AtomicChargeCalculator(EEM法による迅速な電荷計算を行うサーバ、AutoDock 4等に有効)
ModWeb(ホモロジーモデリングサーバー、Modellerのライセンスキーが必要)
SWISS-MODEL(ホモロジーモデリングサーバー)
I-TASSER(ホモロジーモデリングサーバー)
ROBETTA(ホモロジーモデリングサーバー)
RaptorX(ホモロジーモデリングサーバー)
ESyPred3D(ホモロジーモデリングサーバー)
ModLoop(タンパク質のループモデリングサーバー、Modellerのライセンスキーが必要)
FREAD(タンパク質のループモデリングサーバー)
PROSESS(タンパク質構造のバリデーションを行う)
RAMPAGE(タンパク質構造のバリデーションを行う)
SAVES(タンパク質構造のバリデーションを行う)
ProSA-web(タンパク質構造のバリデーションを行う)
HOMCOS(相同複合体の検索・モデリングサーバ)
Compute pI/Mw(タンパク質のpIと分子量計算)
Protein isoelectric point calculator(タンパク質のpIの計算)
CALCOM(タンパク質の重心等を計算するサーバー)
PockDrug(タンパク質立体構造におけるポケット探索とそのドラッガビリティの予測、論文
Sitehound-web(タンパク質立体構造におけるポケット探索)
fpocket(タンパク質立体構造におけるポケット探索)
GHECOM(タンパク質立体構造におけるポケット探索)
VOIDOO(タンパク質立体構造におけるポケット探索)
COACH(タンパク質立体構造におけるリガンド結合部位探索)
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SuperPose(タンパク質立体構造の重ねあわせ)
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PATCHDOCK(protein-proteinドッキングサーバー)
FireDock(protein-proteinドッキングサーバー)
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GRAMM-X(protein-proteinドッキングサーバー)
ZDOCK(protein-proteinドッキングサーバー)
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ClusPro(protein-proteinドッキングサーバー)
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InterEvDock2(protein-proteinドッキングサーバー、論文
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CUPSAT(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ、論文Help
iStable(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ、論文Help
AUTO-MUTE(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ)Download
I-MUTANT3.0(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ)Help
DUET(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ、mCSMとSDMを利用、論文Help
mCSM(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ)
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DynaMut(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ、論文
STRUM(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ、論文ExamplesDownload
MUpro(タンパク質の変異に伴う安定性変化を予測するサーバ、論文HelpDownload
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日本結晶学会誌(J-STAGE)空間群をまちがわないために電子回折図形を見てみよう結晶の対称を知ろうミラー指数,ラウエ指数と消滅則絶対配置と絶対構造Flackパラメータの意味SHELXLの特徴を知ろう!SHELXLで乱れの解析をしよう!SHELXLのコマンドを使いこなそう!SHELXLを使って双晶を解析しよう!SHELXT による構造および空間群の決定これからの有機結晶化学タンパク質結晶構造解析入門
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mugendai日本語で科学を学び、考えることができる幸せーーノーベル化学賞の白川英樹博士が語る先人たちへの感謝近赤外線でがん細胞が1日で消滅、転移したがんも治す ――米国立がん研究所(NCI)の日本人研究者が開発した驚きの治療とは【続報】「がん光免疫療法」の開発者・小林久隆医師に聞く――転移がんも再発もなくなる究極の治療の実用化を目指して「がん光免疫療法」、いよいよ日本でも「治験」開始――国立がん研究センター東病院の土井俊彦副院長が語る実用化への期待と展望尿1滴で、線虫が早期がんを嗅ぎ分ける! ――95.8%という驚きの高感度
Gigazine科学者が一般人に教える「どのように科学論文は読むべきなのか」の11手順メディア王ロバート・マクスウェルが「科学」から巨万の富を搾り取る科学出版システムを作った方法とは?今すぐブラウザ上で本格的な数式やグラフまで描くことが可能なオンライン数式エディタ「Mathcha」コンピューターが人間を超える「AI」「ディープラーニング」「機械学習」とは何かについて解説する「Machine Learning 101」なぜ「がん」は風邪や伝染病のように治せないのか?インフルエンザウイルスは通常の呼吸だけでも拡散していることが判明18歳の大学生が重量1トンのIBM製メインフレームを購入してみたらどうなったのか?大学生にしてIBM製メインフレームを自宅に設置&IBMにスカウトされた「メインフレームキッド」のニッチな生き方とは?無料で発音が聞きたい英単語&文章をYouTubeムービーの生英語で学習可能な「YouGlish」私たちが何気なく使っているソフトウェアはどのように開発されているのか?高校生が「PCを学校に持ち込みたくて」Windows10搭載の電子辞書を自作してしまう無料&簡単操作でマインドマップを描ける「Text2MindMap」を使ってみた肺がん患者に「免疫療法」を従来の化学療法と併用することで生存率を著しく高めることに成功「なぜ氷の上は滑るのか?」という問いに対する伝統的な通説が覆されるがんの免疫療法を腸内バクテリアが加速させている現代社会を作り上げた「5つの偉大な化学的発明」とは?がん転移を阻止できる可能性がある11の遺伝子が発見される無料でブラウザ上でさまざまな形式の履歴書を簡単に作れる「yagish(ヤギッシュ)」通信速度測定サイト「Fast.com」がアップロード速度とレイテンシの測定に対応抗生物質が効かない「スーパーバグ」に対抗すべく「抗生物質のカクテル」で効き目を上げる方法8000通りを研究者が発見「もはや虫垂炎は手術をせずとも抗生物質で十分治療できる」という研究報告健康寿命を延ばせる物質「フィセチン」が野菜や果物に含まれているGoogleのAIは転移性の乳がんを99%の精度で検知することが可能アルツハイマー病はヘルペスウイルスが原因であることを裏付ける研究論文が発表される定説を覆しアルツハイマー病のメカニズム解明に近づいた研究者による研究発表までの苦闘人工知能企業のDeepMindがタンパク質の立体構造を予測する「AlphaFold」を開発無料で商用利用可能でカスタムも自由な高品質イラスト集「DrawKit」がんの免疫療法は「がん細胞の遺伝子変異量が多いほど効果的」である可能性が示唆される簡単に爆速で画像をリサイズ&最適化でファイル容量も削減できるソフトウェア「Assetizr」確率や統計の数学理論を視覚化してイメージによる理解を可能にするサイト「Seeing Theory」Googleで検索ワードと一緒に使うと効率が劇的にアップする「検索演算子」とは?無料で最大2.5GBのデータを共有できるセキュリティ面もバッチリなファイル共有サービス「Firefox Send」が正式リリースされる「バーチャル薬理学」で既存の創薬プロセスを劇的に加速させ未知の薬も同定可能に血を吸った蚊が死ぬようになる薬品「イベルメクチン」はマラリアを20%も減らす仕事に集中して最高の生産性を得るには「休憩を取る」ことが必要手で動かしてどこにでも直接印字可能な新感覚の小型プリンター「RICOH Handy Printer」がんを根絶やしにするためT細胞を「殺し屋」に育てるCAR-T療法の次の一歩とは?文章を書いて発表するのに効率的な訓練法とは?
WIRED
ギズモード
PC・計算サーバー販売
アプライドサーバ&パソコン(導入経験有り、ROCKSを用いてPCクラスターを構築しました)CERVO Grasta Ryzen シリーズ - AMD Ryzen™ Threadripper™ 2 搭載
uniV(大学生協系、導入経験有り)
G-DEP(GPUマシンに特化している、導入経験有り)ゼロから始めるGPUコンピューティング導入事例
パソコン工房第2世代 RyzenThreadripper 搭載BTOパソコン好評発売中!Xeon搭載ワークステーションOSなしゲームパソコン
TSUKUMOインテル Core Xプロセッサー搭載 ワークステーションモデル
ドスパラRyzen Threadripper 2990WX搭載BTO PC「GALLERIA TRZ」が発売ゲームパソコン「ガレリア」(OS無しが可能です)
VSPEC32コア64スレッド/Ryzen Threadripper 2990WX-GTX2080Xeonワークステーション
FRONTIERRyzen Threadripper 2990WX搭載のフルタワーPC18コア/36スレッドのCore i9-7980XE搭載デスクトップインテル Core X シリーズ
アーク32コア/64スレッドのRyzen Threadripper 2990WX搭載ゲーミングPC発売
サイコムRyzen Threadripper 2990WX搭載のハイエンドPCを発売Aqua-Master X399AII(RyzenThreadripper 2990WX(32コア)搭載、3台導入しました!)Lepton WS3600X399A(RyzenThreadripper 2950X(16コア)搭載)
ハーキュリーズXeon搭載静音ワークステーション
HPCシステムズ(HPC用コンピューター取扱の老舗)Reaction plus Pro(自動で反応経路を予測する)Reaction plus Express(反応経路を数分で予測する)GaussRun計算化学ソフトウェアソフトウェア マニュアル・チュートリアルHPC Do It Yourself ClubクラスターインストールUSB解説書クラスター構築用USB OS ダウンロードクラスター構築用USB OS 解説記事
MAXSYS(ワークステーションの販売、低価格、金沢市の会社)ABOUT USORDERING INFO
PCクラスター構築用LinuxOS
ROCKSROCKS clusterの導入Building a Rocks High Performance Cluster with CentOS 6.5(動画)How can build an hybrid CPU - GPU cluster with Rocks ?(GPUを利用するPCクラスター構築時に必要な設定が記載されている)PCクラスタの作り方(pdf)Building a Linux-Based High-Performance Compute ClusterPCクラスタ構築のためのオープンソースLinux OS:Rocks(pdf)Notes From Rocks Cluster SetupRocks 6.2 - Could not find kernel image(Raidカードを装着したマシンをslaveノードとしてインストールした後に起動できないときの対処法が記述されている。Dell T7600ではうまくいきました)DownloadArchivesWikiUsers Guide
仮想化ソフト
VirtualBox(Mac上でWindowsやLinuxを動かせる)Oracle VM VirtualBoxMacとWindowsを同時使用できる無料の仮想化ソフト「VirtualBox」の使い方VirtualBox の使い方と設定[OS X Yosemite] VMware Fusion 5 からVirtualBoxへの移行にハマった時のメモOracle VM VirtualBoxを使うVirtualBoxのインストール・設定・使い方を詳しく解説VirtualBoxの導入からOSインストールまでのチュートリアル解説VirtualBoxの使い方
VMWare(Windows上でLinuxを動かせる)VMware Playerを使う無償のパソコン向け仮想化ソフト「VMware Player」Windows上でLinuxを使おう CentOS 6.5 on VMware PlayerVMware Playerの導入からOSインストール(sysprep)までのチュートリアル解説VMware Player download / InstallVMware PlayerにXPモードをインストールする方法VMware PlayerにCentOS導入。練習用Webサーバーを構築1
計算化学、ケムインフォマティクス、X線結晶構造解析
資料(pdf, SlideShare)計算化学のすすめ分子モデリングってなんだろう?研究で分子モデリングを初めて導入するコツ化学における量子化学の役割合成屋から見た計算化学有機合成反応の開発研究と分子モデリング計算化学で用いられる手法計算化学量子化学教科書の課題領域プロジェクト「理論による化学のシミュレーション」化学特別講義(計算化学)分子軌道計算のオーバービュー主な計算法の概要理論化学・計算化学の現状と展開化学者のための密度汎関数理論固有値問題、固有(値)方程式電子の状態オブザーバブル、期待値および固有値の関係概要1概要2概要3CASSCF法密度汎関数法(DFT法)基底関数の直交化基底関数密度汎関数法, Density Functional Theory (DFT)の基礎第5回密度汎関数法, Density Functional Theory (DFT)の基礎第6回1章 密度汎関数法の基礎2章 交換相関汎関数3章 密度汎関数法にもとづく最新の化学理論最新の化学理論4章 密度汎関数法計算の線形スケーリング法線形スケーリング法5章 時間依存密度汎関数法理論化学・計算化学と実験化学のインタープレイ量子化学計算の大規模化1エネルギー計算と分子モデリング分子力場の基本と歴史的な背景、そして分子設計への応用pdbフォーマットと蛋白質構造創薬のためのドッキング法バイオインフォマティクスとドッキング研究の接点立体構造データベースとその利用X線結晶構造解析における構造バイオインフォマティクス立体構造からの情報抽出ポテンシャルエネルギー分子動力学法とモンテカルロ法分子動力学法実習古明地先生_備忘録複合体構造モデリング膜タンパク質と低分子有機化合物のドッキング生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法生体分子の分子動力学シミュレーション(2)応用生体高分子のシミュレーション-古典から量子へ分子動力学計算を活用したインシリコ創薬(pdf)タンパク質のNMR構造解析の結果をどうみるか(pdf)創薬の効率を飛躍的に高めた化合物スクリーニング計算計算機によるタンパク質―薬物複合体予測構造活相関研究とコンピューターQSAR−半世紀を超えて−生理活性物質の定量的構造活性相関─Hansch‒Fujita法の基礎─(実験技術講座QSAR編第1回)気をつけよう,統計的有意性とメカニズムの妥当性(実験技術講座QSAR編第2回)QSARパラメーターとその応用(実験技術講座QSAR編第3回)農薬科学研究におけるQSARの活用(実験技術講座QSAR編第4回)エネルギー相関からみたQSAR(実験技術講座QSAR編第5回)分子科学計算・シミュレーションを用いた自由エネルギー変化の線形表現解析に基づく定量的構造活性相関に関する研究生態毒性に係る定量的構造活性相関(QSAR)の整備・活用状況質量分析法:原理質量分析法:様々な質量分離法①結晶学っていいね!X線結晶構造解析:X線の性質X線結晶構造解析:実践編①結晶作成X線結晶構造解析=電子密度が高い場所を見つける単結晶X線解析による構造決定の実際(低分子編)単結晶X線構造解析入門SHELXを用いたX線単結晶構造解析最近のX線結晶解析と論文を書く上での注意点結晶スポンジ法構造解析 、100年ぶりの革新〜「結晶スポンジ」で分子構造解析のボトルネックを解消結晶スポンジ法〜結晶化のいらない単結晶X線結晶構造解析法結晶構造データベースと結晶学共通データ・フォーマットCIFについて1結晶構造データベースと結晶学共通データ・フォーマットCIFについて2数値データの取り扱い ~四捨五入から検出限界まで~ 第一回 データの丸め方と誤差の基礎数値データの取り扱い ~四捨五入から検出限界まで~ 第二回 平均値,区間推定と棄却検定不確かさの入門ガイドLC/MSのためのエレクトロスプレーイオン化法 基礎質量分析における新しいイオン化技術
海外のWEBサイト、資料Hugo Kubunyi, Lectures(創薬化学やインシリコ創薬に関する資料多数)Phil Baran(有機化学に関する資料多数)Sherrill Group(量子化学計算に関する資料多数)Eliav Lab(量子化学計算に関する資料多数)Crystals@Otterbein(結晶学に関する資料多数)Crystallography(結晶学に関する資料多数)QSAR World(QSARに関する資料多数)Growing and Mounting Crystals Your Instrument Will Treasure(低分子化合物の結晶化に関する資料, pdf)
ソフトウェア、アプリケーション、プログラム
Gaussian(精密電子エネルギー計算用のデファクトスタンダード、有料)Gaussian入門分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その1-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その2-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その3-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その4-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その5-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その6-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その7-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その8-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その9-(pdf)分子軌道法計算プログラムGaussian 03 -その10-(pdf)Gaussian09ユーザーマニュアル(pdf)Gaussian日本語マニュアルGaussian ユーティリティ(ユーティリティプログラムについての解説)formchk(チェックポイントファイルのデータを,可視化ソフト向けにフォーマット型データに変換する)cubegen(フォーマット型チェックポイントファイルのデータからcubeを生成するGaussian 16GaussView 6 Essentials(動画)Interfacing to Gaussian 16(出力結果の解析用のスクリプト群)Gaussianの入力データGaussian利用の手引きGaussianの使用法(pdf)Gaussian講習会(株式会社クロスアビリティによる資料、pdf)Gaussian 09 キーワードBasis SetsDensity Functional (DFT) MethodsEmpiricalDispersion keywordGAUSSIAN 09W TUTORIAL(pdf)Gaussview/Gaussian Guide and Exercise Manual(pdf)GaussView 4 マニュアルGaussian計算結果の表示Viewing Gaussian ResultsGaussian 可視化のためのチュートリアル(GaussView 3.09)NaBiT物質科学系大学院集中講義 計算化学演習テキスト(pdf)IaNiusha's tutorials(動画)Halim's tutorials(動画)Electrostatic Potential mapsRemembering General Chemistry 15: Electrostatic Potential Maps(動画)generating ESP maps(動画)Viewing Electrostatic Potential, HOMO and LUMO with GaussView - With sample in Description(動画)Example of Thermochemistry Calculation in Gaussian 09(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial: NMR(動画)だれでも簡単にできる!Gaussian 09とONIOM法による反応遷移状態の探索 その1だれでも簡単にできる!Gaussian 09とONIOM法による反応遷移状態の探索 その2だれでも簡単にできる!Gaussian 09とONIOM法による反応遷移状態の探索 その3だれでも簡単にできる!Gaussian 09とONIOM法による反応遷移状態の探索 その4Guide for PBC calculations with GaussianSolid State Calculations Using gaussian:The Definitive Guide to G09 PBC Calculations(pdf)分子軌道のcubeファイルをPyMOL上で開くGaussian09 Guide. Section 1. Optimization and Frequency Calculations(ResearchGate)Gaussian09 Guide. Section 2. Optimization Methods(ResearchGate)The Absolute Beginners Guide to GaussianTutorial on Ab Initio Redox Potential Calculations(pdf)Exploring Chemistry with Electronic Structure MethodsGaussian, Inc. Outside US Academic Price List(pdf)Gaussian Error MessagesThermochemistry in GaussianThermochemistryConstants and Conversion UnitsElectronic propertiesNBO TutorialsNBO CalculationsQuick Tutorial on Natural Bond Order 3 Calculations Within Gaussian 09(pdf)Analyzing Natural Bond Orbitals (NBO) results from Gaussian ’03 & ’09Natural Bond Orbitals (NBO) visualizationNMRNMRの化学シフトを非経験的MOで予測CHESHIRE, Chemical Shift Repository for computed NMR scaling factors
Gaussian03を用いた31P-NMR化学シフトの計算(pdf)NMR properties with Gaussian(pdf)Molecular Spectroscopy, Predicting NMR SpectraQuantum-Chemical Simulation of 1H NMR Spectra(pdf)Calculating NMR proton-proton coupling constantsUSING COMPUTATIONAL METHODS TO PREDICT NMR SPECTRAL DATA FOR POLYETHER COMPOUNDS(pdf)Gaussian Calculations of Simple Organometallic Molecules: technical aspects(pdf)
OpenMOPAC(電子エネルギー計算等、Gaussianの前計算に有効、マルチコアCPU・GPGPUで高速計算、アカデミックフリーウェア)Downloadsversion historyGUI有機化学者のための計算化学Problems installing MOPACMOPACの使い方MOPAC ManualA Quick Guide to MOPAC(pdf)パソコンによる分子軌道法計算入門winmostar(動画)How do I visualize Molecular Orbitals using Jmol?Pre-Compiled Binary of MOPAC 7 for Linuxmopac-7.01-3.i386.rpmMOPAC7の使い方
AMPAC(半経験的分子軌道計算、GaussViewと同一のGUI付属、アカデミックライセンス$1,500)
Winmostar(分子軌道計算用GUI、学生実習で使用中、Mac版は無い、VMWare Fusionで使用可能、アカデミックフリーウェア)クイックマニュアルメインマニュアル補足計算マニュアル補足3DビューワーマニュアルWinmostarを用いた計算化学実験(pdf)Winmostarによる計算化学実験 MOPAC 初級編Winmostarによる計算化学実験 GAMESS 初級編チュートリアル集(動画)
Winmopac7.21(Windows上で走るフリーのMOPAC7)
Facio(Gaussian, GAMESS, MOPAC等のためのGUI, Mac版有り、フリーダウンロード)量子化学計算プログラムGaussianおよびGAMESSのためのプリ・ポストプロセッサー : Facio(pdf)GAMESS版フラッグメントMO法計算のためのGUIの開発(pdf)PC GAMESSのための新しい計算化学統合環境Facioの開発(pdf)Facioに関する情報
Molby(Gaussian, GAMESS, MOPAC, AMBER, NAMD等のためのGUI, Mac版有り、フリーダウンロード)Download
Molekel(Gaussianの計算結果の可視化のためのGUI、Mac版(ver.5.x)有り、フリーダウンロード)DownloadUser Guide【忘備録】Molekelを用いた静電ポテンシャルマップの作成Visualising orbitals and density with MolekelMolekel - electron density and shaders(動画)Download Molekel ver.4.3 (for Windows XP)(ver4.3)Viewing Electrostatic Potential with MOLEKEL(ver4.3)Mapa de Potencial Eletrostático no Molekel(ver4.3、動画)Molekel Help(ver4.3)Gaussian98 input&output(for ver4.3、pdf)
CYLview(Gaussianの計算結果の可視化のためのGUI、Mac版有り、パスに日本語名のディレクトリがあるとファイルを開けません、フリーダウンロード)DownloadUser ManualExamples
Gabedit(Gaussian等の計算結果の可視化のためのGUI、Mac版はHomebrewでインストール可能、無料)DownloadInstall gabedit on Mac OS X(Homebrewでインストールした後、.bashrcにてaliasを作成したほうがいいです)Gabeditを使ってみようTutorialsManualFormat
molsimplify(金属錯体用の分子ビルダー、CUIとGUIがある、フリーウェア)Installing molSimplify(インストール法等が記載されている)Tutorials
Multiwfn(Gaussian等量子化学計算後の多様な解析ができるGUI付きプログラム、Mac版有り、フリーダウンロード)DOWNLOADSmanual(ver 3.6, pdf)manual(ver 3.5, pdf)GalleryResources
GaussSum(量子化学計算結果の解析のためのGUI、無償)Installation(Linux版とWindows版がある)ExamplesFull description
SpecDis(ECD/UV/ORD/IR/VCDの計算結果の解析と実験データとの比較をを行えるプログラム、ORCA, Gaussian, NWChem, ADF, DALTONの出力ファイルを扱える、gnuplotを必要とする、Mac版は無い、無償)DownloadManual
CDSpecTech(ECD/UV/ROA/ORD/VCDの計算結果の解析と実験データとの比較をを行えるプログラム、Gaussian 09の出力ファイルを扱う、Mac版は無い、無償)downloadintroductionvideo tutorials
PyVib2(IR/Raman/VCD等の振動計算の解析を行うpythonプログラム、無償)DownloadInstallingGalleryManual
pygauss(Gaussianの出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償)
g09-library(Gaussianの入力・出力の処理を行うpythonプログラムとスクリプト、無償)
orbkit(Gaussian等の出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償)
CODES(Gaussian等の出力結果の解析を行うpythonプログラム集、無償)
gaussian-tools(Gaussian09の出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償)
QMForge(Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Mac版有り、$15)
Chemissian(Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Windows版のみ、アカデミック1ユーザーで$100)
GAUSSMEM(Gaussian 09使用時に必要なメモリ量を計算してくれるプログラム、無償)download(Linux版、Windows版、Mac版が同梱)
Bader Charge Analysis(AIMのプログラム、Gaussian cubeファイルを利用できる、Mac版有り、無償)
GaussianEditing(Gaussian16のlogファイルをGaussView5で正常に開くようにするための編集用シェルスクリプト、無償)
SPARTAN(分子モデリングと量子化学計算等を行えるソフトウェア、GUIがある、半経験的分子軌道法を用いた配座解析やNMRの化学シフトの高精度な予測もできる、Linux, Mac, Windows版がある、買うならParallel Suiteを)ユーザーインターフェースタスクの種類(並列計算も可能)計算手法得られるプロパティその他の機能マニュアル(pdf)価格Generation of Gaussian 09 Input Files for the Computation of 1H and 13C NMR Chemical Shifts of Structures from a Spartan’14 Conformational Search
NCIPLOT(非共有結合性相互作用解析プログラム、Linux上で要コンパイル、無償)Theorydownloaddownload GPU CUDA Versionmanual(pdf)ExercisesGallery
Modeller(ホモロジーモデリング用プログラム、アカデミックフリー)Download & InstallationRegistrationOnline manualDiscussion ForumDocumentationtutorialWikiMODELLER - I - Introduction(pdf)Chimera Interface to ModellerUCSFChimeraとModellerを用いたホモロジー・モデリングとHOMCOSサーバによる複合体立体構造の検索・モデリング(pdf)UCSFChimeraとMODELLERを用いたホモロジー・モデリング(pdf)Exploring a protein structure using Chimera: Modeling missing loops(動画)HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ MODELLERのインストール法HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ MODELLERの使い方ホモロジー・モデリングの基礎と複合体立体構造の検索・モデリング(pdf)蛋白質構造モデリング(pdf)MODELLER によるホモロジーモデリング 簡単な実行例タンパク質ホモロジーモデリングソフト ModellerのインストールModellerの基本的使い方 1 (Basic example)Modellerの基本的使い方 (Basic example) 2 : エラーが出ちゃったよ~Modellerの使い方Modellerで複合体のループモデリングModeller による Cαモデルを鋳型とした全原子モデルの構築
myPresto(医薬品開発に特化した国産の分子シミュレーションシステム、Linux OS上で動作、無償)DOWNLOAD(計算エンジンの紹介有り)USER MANUAL(pdf)MF myPresto(myPresto用GUI、年間ライセンス)MF myPrestoのチュートリアル集(動画)MolDesk(myPresto用GUI、BasicとScreeningがある、永年あるいは年間ライセンス)MolDeskのチュートリアル集(動画)myPrestoによる分子シミュレーション(myPresto+MF myPrestoインストール済コンピュータの販売)Desktop Drug Design(動画)タンパク質3次元構造からの計算による薬物の発見(pdf)創薬の効率を飛躍的に高めた化合物スクリーニング計算(pdf)計算機によるタンパク質–薬物複合体予測(pdf)化合物データベースの利用法(pdf)
AMBER(分子動力学シミュレーション・自由エネルギー計算等、チュートリアルが充実、アカデミックライセンス$500)AMBER 利用の手引き構造最適化と分子動力学計算(気相中)(pdf)AMBER のGUIA road to AMBER Simulations ∼ CentOS 6.2 on Mac OS X ∼(SlideShare)Jason Swails WEB page(AMBERのインストール法やチュートリアル、スクリプト等が記述されている)Amber TutorialsAMBER Tutorials日本語 Amber TutorialsRizzo Lab tutorialsRunning MD simulationPSC AMBER & MMTSB WORKSHOPAn Introduction to CPPTRAJRMSD Analysis in CPPTRAJIntroduction to Nucleic Acids simulationsIntroduction to Principal Component AnalysisCluster Analysis with CPPTRAJHydrogen bond analysis with CPPTRAJAMBER parameter databaseTUTORIAL A20: Metal Ion Modeling TutorialAMBER 11.0 Introductory Tutorial(pdf)Course in Applied Structural Bioinformatics:Amber Tutorial(pdf)湯井-AMBER使用法(pdf)Kollmanの遺したもの(pdf)Mailing List ArchiveMac OSにAmberTools 14をインストールAmberTools 14を使ってMD simulationをしてみよう(その1)AmberTools 14を使ってMD simulationをしてみよう(その2)AmberToolsのLEaPで任意のサイズの周期境界ボックスに蛋白質を配置する方法溶媒配置ソフトウェアSolvate 1.0をMac OS Xにインストールantechamberを使ってGaussian 09からAMBER用の力場・電荷パラメータを作成する結合自由エネルギー変化の計算をする:AmberToolsとMM-PBSAを使った方法AmberToolsを使ったMDトラジェクトリの主成分分析PyMOLを使ったMDトラジェクトリの表示ligand parametrization(pdf)AMBER16(新機能)Mac OSにAmberTools 16をインストールAMBER GPU Molecular Dynamics Workflow Tool and TutorialSmall Molecule Dihedrals ParametrizationZinc protein simulations using the cationic dummy atom approachGaussian Accelerated Molecular Dynamics (GaMD) Tutorial(pdf)
GROMACS (分子動力学シミュレーション・自由エネルギー計算等、フリーウェア)DownloadsManualMailing listDocumentationGPU accelerationGROMACS ArchWikiGromacsの使い方概要TutorialsGROMACS TutorialsGROMACS tutorials (BioSFLab)AdK Gromacs TutorialIntroductory tutorial for gromacsMD Simulation: Protein in WaterGROMACS Protein Ligand Complex SimulationsFrom Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation PackageGROMACS(日本語,archlinux)MDシミュレーションのチュートリアル〜PDB: 1LKEの場合〜GROMACS Introductory Tutorial(pdf)GROMACS Tutorial for Drug – Enzyme Complex(pdf)GROMACS実習(pdf)Tutorial(pdf)GROMACS TUTORIAL: Your first Simulation Made Easy!(動画)Gromacs Tutorial 1: Lysozyme in Water(動画)Molecular Dynamics Siumlations with Gromacs(動画)Conformation Search TutorialGROMACS実習(pdf)Winmostar™ご紹介(pdf)Winmostar用 Gromacs, AmberのインストールマニュアルLinuxサーバー版Gromacsインストールマニュアル(pdf)Winmostar - Gromacs Tutorial 1 Gromacs基礎編(pdf)Winmostar -Gromacs Tutorial 2 タンパク系(pdf)Winmostar -Gromacs Tutorial 3 溶媒和自由エネルギー編(pdf)Winmostar -Gromacs Tutorial 4 混合溶媒系(pdf)Winmostar -Gromacs Tutorial 5 タンパク-リガンド系(pdf)Winmostar -Gromacs Tutorial 6 RESP電荷を用いたモデリング(pdf)Winmostar定期講習会20141217@神戸:Gromacsによる分子動力学(動画)Winmostar Gromacs Interface Tutorial1a(動画)Winmostar Gromacs Interface Tutorial1b(動画)初学者のためのGromacsによるMD計算支援ソフトGISPの開発(pdf)GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算 updatedGROMACSと配位高分子の分子動力学計算(pdf)Replica-Exchange Molecular Dynamicspmx(変異を入れた入力ファイルを生成するサーバー)膜タンパク質のモデリング (CHARMM-GUI, Amber Lipid14 force field)
PACKMOL(溶媒分子構造作成プログラム、要登録、無償)DownloadInput ExamplesUser guideUtilitiesExternal linksPACKMOL(開発者の原著、pdf)溶媒分子構造作成ソフトウェアpackmolのインストールpackmol のインストールPackmol TutorialPackmol, Packing a system!
FESetup(AMBERやGROMACSを用いて自由エネルギー摂動法等を行うためのユーティリティ、無償)Download
pyMDMix(タンパク質のドラッガビリティ等を水/有機溶媒系でMDを行うことで予測するpythonユーティリティパッケージ、無償)About the methodDownload and installationtutorial 1a: Preparing a toy projecttutorial 1b: Simulating the toy projecttutorial 1c: Analyzing the toy project
AutoDock(分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能金属タンパク質が扱える、Mac版有り、フリーウェア)Download PageAutoDock の入手方法(ChemBio シリーズ サポート情報から)AutoDock使用マニュアル(pdf)Using AutoDockAutoDock tutorialsUsing AutoDock 4 and AutoDock Vina with AutoDockTools: A Tutorial(pdf)Tutorial for Autodock and Autodock Tools(pdf)Where do I set the AutoDock 4 force field parameters?(使用できる元素の力場パラメーター表)AutoDock 4.2 & MGLTools on Mac OS X(SlideShare)A Beginner’s Manual for AutoDock, AutoGrid, AutoDockTools (GUI)(動画)AutoDock(動画)Docking Simulation TutorialMolecular docking, estimating free energies of binding, and AutoDock's semi-empirical force fieldForum
AutoDockCuda(AutoDock4.2.6のNVIDIA CUDAヴァージョン、要コンパイル)
cudock(AutoDockのNVIDIA CUDAヴァージョン、要コンパイル)
Fastgrid(AutoGridのNVIDIA CUDAヴァージョン、要コンパイル)
AutoDockZn(亜鉛タンパク質に特化したAutoDock4用の分子力場パラメーターファイル、フリーウェア、論文DownloadsAutoDockZn tutorial(pdf)
AutoDockFR(分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、AutoDock Vinaより性能がいいらしい、Mac版有り、フリーウェア、論文DownloadsAutoDockFR tutorial(pdf)AutoGridFR tutorial(pdf)AutoSite tutorial(pdf)AutoSite2 tutorial(pdf)
AutoDock Vina(分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、マルチコアCPUで高速計算、金属タンパク質は苦手、Mac版有り、フリーウェア)DownloadAutoDock Vinaの使い方(SlideShare)複合体構造モデリング(AutoDock Vinaの使用法等を記述している)(pdf)Autodock tutorial VINA with UCSF Chimera(pdf)How to Study Protein-Ligand Interaction through Molecular Docking(pdf)Molecular Docking Tutorial Using AutoDock Vina with Chimera(pdf)OpenDiscovery: Automated Docking of Ligands to Proteins and Molecular Simulation(pdf)Protein-Ligand DockingMolecular Docking: TutorialManualTutorial:Molecular docking(pdf)AutoDock Vina & MGLTools on Mac OS X 10.6(SlideShare)AutoDock Vina Video Tutorial(動画)Autodock Vina video tutorial (動画)Tutorial: site specific docking using auto dock vina.(動画)Autodock/Vina plugin for PyMOL(AutoDock Vina用プラグイン、論文PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Basics(動画)PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Virtual Screening(動画)ForumDocking box size(Vinaで使用する最適なボックスサイズを計算してくれるPerlスクリプト、論文
MPI-Vina(MPIを使用し、マルチノードでVinaを実行できる、無償、論文Supporting Information(インストール方法が記述してあるdocxファイル)
VinaLC(MPIを使用し、マルチノードでVinaを実行できる、要コンパイル、無償)DownloadSoftware InstallationUsers GuideTutorials
Smina(AutoDock Vinaを改良した分子ドッキングプログラム、無償)Download(Mac版 smina.osxとLinux版 smina.staticがある)Ligand docking with Smina(ブログ記事)Machine Learning optimization of Smina cross docking accuracy(ブログ記事)custom_scoring.pdfVinardo(Sminaに含まれる改良スコアリング)
QuickVina 2(AutoDock Vinaの派生プログラム、論文。Vinaと比較しQuickVina 2の実行時間は半分以下になります(PDB_id:1iepの場合)。)Download(Linux版)
Vina4dv(AutoDock Vinaの派生プログラム、GitHubDownload(Linux版)Download(Mac版)
PSOVina2LS(AutoDock Vinaの派生プログラム、アカデミックフリーウェア)Download(Linux版)Download(Mac版)
AutoDock VinaXB(分子ドッキングのスコアリングにハロゲン結合を取り入れたAutoDock Vinaの派生プログラム、論文Download(GitHub)
Autodock VinaSH(分子ドッキングのスコアリングにσホールを取り入れたAutoDock Vinaの派生プログラム、論文Download
idock(AutoDock Vinaにインスパイアされて作成されたプログラム、無償。派生プログラムの中では最も高速(Vinaの4分の1程度まで短縮)で、性能も良い気がします。金属タンパク質にも対応。結晶構造の再現性はtasksとtreesをデフォルト値から倍にすれば安定しますが、実行時間はVinaの半分程度になります(PDB_id:1iepの場合)。)idock v2(idock v2のリリースノート)Downloads(idock v2.2.2のLinux版、Mac版、Windows版が同梱)
AutoDockTools(AutoDockとAutoDock Vina用のGUI、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)DownloadsTutorial Autodocktools(動画)Tips, Tricks, and Tutorials for Python Molecular ViewerForum
PyRx(AutoDock、AutoDock Vina、ヴァーチャルスクリーニング用のGUI、Mac版、無料版と有料版有り)DownloadsProtein-Ligand Docking with PyRx(pdf)Comparing Virtual Screening with Bioassays Using PyRx(pdf)AutoDock Tutorial (v1.1)(pdf)Docking with PyRx-Vina(動画)Docking with PyRx-Vina using Sample Test Compound(動画)PyRx Screencast - Open Babel (動画)Forum
AUDocker LE(AutoDock Vina用のGUI、フリーウェア、論文Manual(pdf)
JADOPPT(AutoDock用のGUI、フリーダウンロード)
POAP(OpenBabelとAutoDock4やAutoDockを用いたヴァーチャルスクリーニング用Bashスクリプト、無償)Download(GitHub)Manual(pdf)
GOLD(分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、金属タンパク質が扱える、GUI付き、Mac版は無い、有料)Intro to: GOLD(動画)Docking with GOLD(pdf)TutorialUser Guide(pdf)
PLANTS(分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、GPUも使えるらしい、アカデミックフリーウェア)DownloadSPORES(PLANTS用のGUI)
rDock(分子ドッキングプログラム、CUIで使用、フリーウェア)DownloadインストールTest drivin' rDock(ブログ記事)Cross docking test with rDock(ブログ記事)
LeDock(分子ドッキングプログラム、Mac版はGUIとCUIが有る、CentOS6ではglibcヴァージョンの不適合のため走りません。フリーウェア)DownloadUser Guide(pdf)
ADplugin(AutoDock, AutoDock Vina用のPyMOLプラグイン、無償)
GetBox(AutoDock, AutoDock Vina, LeDock用のドッキングボックスを計算するためのPyMOLプラグイン、無償)
PANTHER(高速リジッドドッキングプログラム、ShaEPとともに使用し、分子は部分電荷を有した数〜数十個の配座を含むmol2ファイルを使用する、無償)情報学生のメモり〜論文読み〜(ブログ記事)
Spresso(高速フラッグメント分子ドッキングプログラム、無償)Introduction(pdf)
XSCORE(二次分子ドッキングスコアリング関数)License AgreementUser manual
DSX(二次分子ドッキングスコアリング関数)Download AreaIntroductionDocumentation
LigScore(二次分子ドッキングスコアリング関数、IMPに内蔵されている)Other scoring functions and tools
RF-Score-VS(機械学習を用いて構築された二次分子ドッキングスコアリング関数、論文Download(Linux版)Download(Mac版)Download(Windows版)
WaterDock(AutoDock Vinaを利用してタンパク質表面上での水分子の位置の予測を行う、無償、論文12DownloadPyMOL plug-in
MOE(統合計算化学システム、分子構築が容易、AutoQSARが便利、年間ライセンス)Drug Design and Discovery: covalent docking and tutorial
ChemAxon(化学情報プラットフォーム、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)一切のプラグインが不要なWeb対応構造エディタMarvin JS(化学構造の画像をダウンロードできる)ChemAxon's Marvin JS - chemical drawing component for the web(動画)3D viewer in Marvin Live(動画)Drug Discovery Drama(動画)MarvinSpace(3Dビューアー、小分子リガンドのアライメントもできるようです)
ChemDraw(化学構造式描画,有料)ChemBioシリーズChemDraw を使いこなすための参考資料ChemDrawの使い方 【基本機能編】構造式を美しく書くために【準備編】ChemDrawの使い方【作図編①:反応スキーム】ChemDrawの使い方【作図編②:触媒サイクル】ChemDrawの使い方【作図編③:表】ChemDraw の使い方【作図編④: 反応機構 (前編)】ChemDrawの使い方【作図編⑤ : 反応機構 (後編)】ChemDraw の Align 機能: 分子の部分構造で揃える方法ChemDraw を貼った文書の PDF 化トラブルと解決策ChemDraw の HotKey について特殊記号の出し方・ショートカットキーまとめ
MarvinSketch(化学構造式描画,cdx, mol, sdf, cml, smiles, smarts, InChIファイル形式でも保存できる、Mac版有り、フリーウェア)ユーザーガイド目次動画チュートリアルIntroduction to ChemAxon's Drawing Tool: MarvinSketch 6.0(動画)Editing atom labels in ChemAxon's MarvinSketch(動画)薬学教育に有用な高機能分子エディター(pdf)
BIOVIA Draw(化学構造式描画,Mac版は無い、アカデミックフリーウェア)No-fee BIOVIA Draw for Academic and Non-commercial UseBIOVIA Draw - Add-insAccelrys Draw 4.0 - Demo(動画)
ACD/ChemSketch(化学構造式描画,Mac版は無い、アカデミックフリーウェア)download
OSRA(化学構造のOCR、GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS等からSMILESやSDFファイルを生成する、要コンパイル、無料)DownloadOSRA: Optical Structure RecognitionCheminformatics on a Mac(MacではHomebrewでインストールできるようです)
OpenBabel(構造ファイル変換、配座・電荷生成等有能なソフト、Mac版有り、フリーウェア)InstallationInstall open-babel on Mac OSXCheminformatics on a Mac(HomebrewやOpen Babel等のインストール方法が詳述されている)OpenBabelの使い方Convert, Filter and Manipulate Chemical DataSupported File Formats and OptionsComputational Chemistry Tutorial-3- Open Babel(動画)Basic UsageMolecular Fingerprints and Fastsearch DatabasesOther ToolsOpen Babel 2.4.0 documentationGenerate multiple conformersiBabel(Mac用のGUI,OpenBabelをインストールしていないと使えません)
fconv(タンパク質-リガンド複合体ファイルの処理やRMSDの計算等、コマンドラインで使用、Mac版あり、無償)fconv Tutorial Part 1fconv Tutorial Part 2fconv Tutorial Part 3
SDF Toolkit(SDFファイルの様々な処理を行えるPerlスクリプト集、無償)
MayaChemTools(SDFファイルの様々な処理を行えるPerlスクリプト集、無償)DownloadInstallationTable of ContentsSplitSDFiles.plSortSDFiles.pl
pythonでmol2やSDFファイルを分割する(ヴァーチャルライブラリーの構築に有用なpythonスクリプト)
VeraChem(コンピュータ支援分子設計のためのプログラム群)Vconf(2D→3D変換や配座解析を行う、Windows版とLinux版、無償)VCharge(部分電荷の生成、Windows版とLinux版、無償)VFilter(配座解析後のファイルター処理、Windows版とLinux版、無償)Vrms(分子の重ね合わせとRMSDの計算、Windows版とLinux版、無償)VDisplay(SDFファイル等の可視化を行う3Dビューワー、Windows版、無償)VM2(結合自由エネルギーの計算を行うためのパッケージ、マルチCPU&GPUに対応、Linux版、Amazon Web Serviceにも対応、アカデミックフリー)ManualDownload
Balloon(2D=>3D変換、配座・電荷生成、CUIで使用、Mac版有り、フリーウェア)Download(Macは10.5以降で動作します、CentOSもOKです)使い方(ターミナルで使用します)Accelrys DrawAccelrys Draw - Add-ins(Balloon)
Frog2(配座生成プログラム、要コンパイル、無償)README.install
xconf(配座生成プログラム、要コンパイル、無償)Downloads
ConfBuster(大環状分子の配座生成用のPythonプログラム、無償)
Open3DALIGN(分子アライメント用プログラム、Mac版有り、無償)DownloadsTutorial
Flexible small molecule alignment softwares(様々な分子アライメントソフトウェアの紹介)Michel Petitjean / softwares / freewares(上記ソフトウェアのダウンロードサイト、Mac版があります)
Contactos(分子アライメントとクラスタリング用Pythonプログラム、無償)
OpenGrowth(De novo分子設計支援ソフトウェア、CUIで使用、フリーウェア)DownloadManual(pdf)
AutoGrow 3.0(De novo分子設計支援ソフトウェア、CUIで使用、フリーウェア)DownloadREADMEtutorial
GANDI(De novo分子設計支援ソフトウェア、CUIで使用、論文License AgreementManual(pdf)
LIGSIFT(分子類似性探索プログラム、CUIで使用、フリーウェア、論文
ShaEP(分子類似性探索プログラム、CUIで使用、フリーウェア)
SHAFTS(分子類似性探索プログラム、CUIで使用、フリーウェア)
Spectrophores(分子類似性探索プログラム、OpenBabelに内蔵、CUIで使用、フリーウェア)
MassiveSAR(分子類似性探索プログラム、Windows版のみ、フリーウェア)
PAPER(分子類似性探索プログラム、Linux上でGPGPUを使用、フリーウェア)
Fuzzee(分子類似性探索プログラム、フリーウェア)
SUBSET(NCIが開発した分子類似性探索プログラム、フリーウェア)
LiSiCA(2D&3D ligand-based virtual screeningプログラム,アカデミックフリーウェア)
rmsd(rmsd計算用のfortranコード、フリーウェア)
charnley(rmsd計算用のpythonスクリプト、フリーウェア、開発元のブログ
Jmol(3D viewer、Javaで動く、軽い、フリーウェア)DownloadJmolの操作JmolについてJmolにおけるマウスを使った分子操作Jmol オブジェクト分子構造を 3D で観察しよう (1)分子構造を 3D で観察しよう (2)分子構造を 3D で観察しよう (3)Jmol Application Tutorials(動画)Electrostatic potential maps in Avogadro and Jmol(動画)PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる~基本編~(動画)How do I visualize Molecular Orbitals using Jmol?Surfaces in Jmol
Mercury(CIF用GUI、低分子結晶構造解析ツール、フリーウェア、Mac版、有料アップグレード有り)DownloadUser Guide and Tutorials(pdf)Table of ContentsHow-to: Customise the structure display settings in Mercury(動画)How-to: Reveal neighbouring molecules using Mercury(動画)How-to: Calculate the centroid of a functional group using Mercury(動画)How-to:(動画)
SHELX(X線単結晶構造解析用プログラム)registration(アカデミック使用のみ)downloadtutorials and talkswikis and manualsSmall molecule GUIsOpen access papers about SHELXRecent SHELX changesFAQUser guide to crystal structure refinement with SHELXL(pdf)Refinement of Disorder with SHELXL A tutorial by Peter Müller(pdf)Refinement of Disorder with SHELXL Peter Müller(pdf)Entropyrules! Disorder(pdf)Advanced Crystallography: Refinement of Disordered Structures(pdf)Introduction to SHELXL Refinement: Restraints, Constraints and Esds(pdf)Modeling Disorder in SHELXL(pdf)
Olex2(X線単結晶構造解析用GUI、Mac版有り、SHELXLを必要とする、無償)構造解析プログラムパッケージ Olex2OLEX2による解析マニュアル, 東京大学工学系研究科 総合研究機構 ナノ工学研究センター X線実験室(pdf)Olex2の使い方 その1 ダウンロードOlex2の使い方 その2 解析Olex2の使い方 その3 束縛:AFIX, SADI, DFIXOlex2へのshelxのインストールOLEX2 – Getting Started(pptx)Olex2(動画)Olex2 and ShelX(動画)Olex2 - Demo Tutorial(動画)Labels in Olex2 & Colour of Atoms(動画)Notes on OLEX2(pdf)Olex2 Manual (Commands)(pdf)Structure Solution and Refinement with Olex2(pdf)Useful Olex2 Commands(pdf)OLEX2Quick Reference(pdf)Structure Solution and Refinement with OLEX2Squeeze What to do with disordered solvent?(pdf)Disorder Refinement Examples in Olex2Disorder Treatment using Olex2(動画)ShelXle - A cute graphical user interface for SHELXLDisordered Structure Refinement (DSR), Small molecule refinement tool
ORTEP-3 for Windows(ORTEP図の作成ソフトウェア)DownloadManual(pdf)Gallery
OSCAIL(X線単結晶構造解析ソフトウェア、ORTEXを含む、アカデミックフリー)OverviewDownloadTutorialUpdate list
LINXTL(X線単結晶構造解析ソフトウェア、Mac版はない、フリーダウンロード)Single crystal structure determination with SHELX, PLATON, LINXTL, Xshell using Ubuntu Linux(動画)
CrystalExplorer(CIF用GUI、低分子結晶構造解析ツール、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)DownloadwikiQuick Start GuideManual
PyMOL(3D viewer、構造生物学者が好んで使用、Mac版、無料版と有料版有り)PyMOLPyMol 2.0PyMOL 2.0 has been released!MAC InstallPyMOLの使い方PyMOLの使い方PyMOLマニュアルPyMOLの使い方(Command Line)PyMOLクックブックPyMOLを使い倒す(動画)Pymol Tutorial (動画)Visualization programs I: PyMol Tutorial(動画)How to make a PyMol movie(動画)Simple Pymol Movie Instructions(動画)pluginsPlugins on OS XMacPyMOL Plugin Tutorial.mov(動画)Plugins TutorialMacPyMOL & Plug-in on Mac OS X 10.6(SlideShare)PyMOL 1.7.2.1+APBS plugin works on Mac Yosemite using HomebrewHomebrewed PyMOL 1.8.2 + APBS plugin work on Mac El CapitanPymolにて表面電荷を表示するPyMOLを使ったMDトラジェクトリの表示Autodock/Vina plugin for PyMOL(AutoDock Vina用プラグイン、論文PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Basics(動画)PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Virtual Screening(動画)LigAlign(小分子のアライメントを行うプラグイン)リガンド結合部位の表示リガンド周囲の観察(pdf)水素結合水素結合のパラメータの定義距離を測る・点線を描く分子の重ね合わせcavityの表示ポケットの表示相互作用部位の表示疎水性度の表示
Chimera(3D viewer、AMBERとの親和性が高い、AutoDock Vinaのインターフェースを内蔵、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)DownloadChimera入門Getting StartedTutorialsBasic Functions IndexCommands IndexChimera Image GalleryAutodock tutorial VINA with UCSF Chimera(pdf)RCSBProteinDataBank's tutorials(動画)Mutating a Residue in UCSF Chimera (Part 1) (動画)Mutating a Residue in UCSF Chimera (Part 2) (動画)mutating residuesEnhancing UCSF Chimera through web servicesSwissSidechain (plugin)(非天然アミノ酸へ変異できるプラグイン)Electrostatic potential values(タンパク質表面の静電ポテンシャルを数値で表示させる、動画)How to Study Protein-Ligand Interaction through Molecular Docking(動画)Tutorial: Structural Analysis of a Protein-Protein Complex(pdf)
VMD(3D viewer、AMBERNAMDとの親和性が高い、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)DownloadDocumentationUsing VMD(pdf)TutorialsUsing VMD with AMBERVMD Tutorial(RMSDの計算方法が記述してある、pdf)Kabsch algorithmForce Field Tool Kit (FFTK)の使い方 その1VSLab(AutoDock用のプラグイン)
DS Visualizer(3D viewer、マルチリガンドの読み込みや分子アラインメントが可能、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア)機能(pdf)構造バイオインフォマティクス基礎(pdf)タンパク質の3次元構造を観る(pdf)Introduction to the Discovery Studio Visualizer(pdf)Viewing ligands in a 2D window(タンパク質-リガンド複合体立体構造の2次元描画の記述、pdf)Discovery Studio Visualizer 3.5: Making 3D Protein/DNA Videos(動画)DS Viewer Tutorial(動画)Discovery Studio Program medicinal chemistry 1-MIU-(動画)
VEGA ZZ(分子モデリングソフトウェアパッケージ、多機能、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア)Main featuresDownloadActivationGalleryManualGriDockESCHER NGAMMP VE
Maestro(SCHRODINGER社製分子モデリングGUI、アカデミックフリーウェア)Download Free MaestroSchrodinger利用の手引(pdf)Getting Started in Maestro 11(pdf)Maestro 11 - Quick Start Guide(動画)Introduction to Structure Preparation and VisalizationQuick Reference GuideTraining Series
Swiss-PDBViewer DeepView(高機能なPDBビューアー、フリーウェア)DownloadUser GuideTutorialMenusTips & Tricksタンパク質の3次元構造を観る(pdf)操作法コンピュータグラフィクスで蛋白質に触れてみよう(pdf)
CueMol(3Dビューアー、小分子のアライメントもできる、APBSとPDB2PQRもバンドルされている、Mac版有り、英語版サイト、無償)GalleryDownloadinstallDocuments(チュートリアルやマニュアルが記載されています)Updates(バグフィックス情報が記載されています)チュートリアル論文用の図を作ろう分子の重ね合わせ(RMSD値も計算できます)APBSを使った静電ポテンシャルマップの計算と表示着色についてCueMol2でタンパク質の立体構造を見る(動画)CueMol2でタンパク質の立体構造を見る・2(動画)CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・1〜(動画)CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・2〜(動画)
Waals(タンパク質立体構造の表示・解析ソフト、Mac版のみ、有償)概要Waalsの特長価格とシステム条件
ICM-Browser(3Dビューアー、Mac版あり、フリーウェア)DownloadICM Browser Pro(強化版ICM-Browser、有償)
OpenAstexViewer 3.0OverviewImage GalleryInstallationDownload
Bioclipse(ケムインフォマティクス、バイオインフォマティクスのためのGUI,SDFファイルビューワーとしても使える、フリーウェア、論文DownloadScreenshotsScreencasts(動画へのリンク)FeaturesDocumentationtutorial Predictive modeling with Bioclipse-R
UGENE(バイオインフォマティクスのためのGUI、Mac版有り、フリーウェア)downloadKey featuresquick start guide(pdf)mannual(pdf)mini tutorialUGENE podcasts(動画)
Ligplot+(タンパク質-リガンド複合体3次元構造の2次元描画用のGUI、Javaで動く、アカデミックフリーウェア)downloadmanualLigplot+ on Mac OS X(SlideShare)
LeView(タンパク質-リガンド複合体3次元構造の2次元描画用のGUI、Javaで動く、CUI版もある、フリーウェア)manual for GUI version(pdf)
silicos-it(ケムインフォマティクス用のコマンドラインプログラム群、無償)
hbonanza(水素結合の解析を行うpythonスクリプト、pdbファイルを入力とする、フリーウェア)DownloadTutorialVisalization
BINANA(ドッキング後の水素結合等の解析を行えるpythonスクリプト、pdbqtファイルを入力とする、フリーウェア、論文downloadintroduction/descriptiontutorial
XBFINDER(pdbファイル中のハロゲン結合やハロゲン相互作用を検出する)Download(Github)
Avogadro(分子ビルダー、Mac版有り、フリーウェア)DownloadManualDiscussAvogadroを使ってPM6計算を実行Avogadro を使ってみる美麗な分子モデルを描きたい!!Avogadro→GAMESSAvogadro v1.1 Basics Of Modeling & Optimization(動画)Building complicated molecules in Avogadro in 4 acts(動画)Electrostatic potential maps in Avogadro and Jmol(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial Basics(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial Basics 2 (動画)Avogadro with Gaussian Tutorial SP(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial MOs(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial FREQ(動画)Avogadro with Gaussian: Find the TS!(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial: Guess the TS(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial QST2 (動画)Avogadro with Gaussian IRC calculation(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial Electron Density(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial Solvent Effect(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial Mixed Basis Sets and ECP(動画)Avogadro with Gaussian + NBO(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial Absorptions (UV-Vis)(動画)Avogadro VS MarvinSketch: Metal complexes(動画)Avogadro with Gaussian Tutorial: NMR (動画)Avogadro-MOPAC-Open Babel-Jmol
ChemT(化合物ライブラリーの構築のためのGUI、Mac版は無い、フリーウェア)
Chirys View(化合物ライブラリーのSDFファイルの高速表示、Mac版のみ、フリーウェア)
cApp(ケムインフォマティクス用のJavaプログラム、CUI版とGUI版がある、sdfファイルの分割などができる、無償、論文downloadとmanualA review of cApp
DataWarrior(化合物ライブラリー(sdfファイル)の表示や編集のためのGUI、配座の生成や化学反応の探索、結晶構造データベースの描画が可能、Mac版有り、フリーウェア)A Review of DataWarriorFeaturesManualDownloadDownloadable Data Files(Chemical reactions from US patents (1976-Sep2016))Downloadable Data Files(X-Ray structures from the Crystallography Open Database)Downloadable Data Files(DrugBank 5.0.10)
Scaffold Hunter(化合物ライブラリーの表示と編集のためのGUI、Javaで動く、フリーウェア,論文)DownloadTutorials
StarVue(化合物ライブラリーの表示と編集のためのGUI、Mac版有り、フリーウェア論文)A Review of StarVue
MONA(化合物ライブラリーの表示と編集のためのGUI、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)Tutorial(動画)
DMax(QSARソフトウェア、GUIで使用、Mac版はない、フリーウェア)DownloadTutorial
CORAL(QSARソフトウェア、GUIで使用、Mac版はない?、フリーウェア)DOWNLOADPUBLICATIONS
McQSAR(QSARソフトウェア、CUIで使用、フリーウェア)Download(Macは10.5以降で動作します、CentOSもOKです)使い方(ターミナルで使用します)FAQ
BioPPsy(QSARソフトウェア、フリーウェア)
PaDEL-Descriptor(分子記述子の計算用GUI、Javaで動く、計算結果はMcQSAR等で利用できる、フリーウェア)PaDEL-Descriptorで記述子の生成化合物プロパティの計算方法記述子計算のフリーソフト「PaDEL-descriptor」を見つけました
Codessa III(QSARソフトウェア、AMPACと連携、アカデミックライセンス$1,500)
QSAR Toolbox(毒性評価用QSARソフトウェア、Mac版は無い、フリーウェア)DownloadQSAR Toolbox 活用マニュアル(pdf)QSAR Toolbox Web TrainingQSAR Toolboxの概要と活用事例(pdf)生体毒性QSARモデルの解説(pdf)構造活性相関解析用ソフトウエアの紹介(pdf)
Toxtree(毒性評価用QSARソフトウェア、Mac版は無い、フリーウェア)DownloadsSupportToxtree publications
propy(タンパク質の記述子を計算するプログラム、無償)Downloads
NEEMP(EEM電荷を計算するソフトウェア,フリーウェア,論文User manual
EEM SOLVER(EEM電荷を計算するソフトウェア)Summary pageManual
3DNA(核酸の立体構造を解析したり構築するプログラム、無償、論文Downloadmutate_bases
GraphiteLifeExplorer(核酸の分子モデリングソフトウェア、Mac版あり、無償)DownloadTutorialsGallery
Mac用化学ソフトウェア集
Macs in Chemistry
Chemistry software (sourceforge.net)(無料)
Linux用化学ソフトウェア集
Linux4Chemistry
Chemistry software (sourceforge.net)(無料)
Windows用化学ソフトウェア集
free chemistry software(無料)
Chemistry software (sourceforge.net)(無料)
Chemistry Freeware Links(無料)
テキストエディタ vi
viエディタの使い方
今から1分で,viコマンドの使い方を覚えてもらうためのページ
viエディタ入門
viの基本操作
vi エディタの使い方
viコマンド(vimコマンド)一覧(検索・置換)
いまさら聞けないVim
研究者のためのLinuxコマンド小事典(viやEmacsの簡単な使い方が記載)
Bash・シェルスクリプト
Linux標準教科書 ver.3.0.0(pdf版を無料でダウンロードできる、CentOS 7対応)
BASH
Bash
Linuxコマンド一覧
Linuxコマンド集
コマンドガイドpaste コマンド
Linuxコマンド逆引き大全
コマンドの使い方(Linux)sed コマンドawk コマンドsort コマンド
シェルスクリプト入門(pdf)
UNIX/Linuxとスクリプト言語 - シェルスクリプト入門 (動画)
UNIX & Linux コマンド・シェルスクリプト リファレンス
法大奥山研究室:シェル・プログラミング
シェルスクリプト入門 書き方のまとめ
ステップ・バイ・ステップ・シェルスクリプト
シェルスクリプトの文法チェックを全自動で行う「ShellCheck」が参考になる!
Windowsで仮想やCygwinなしでUnixコマンドを使う 〜Windows でシェルスクリプト〜Busybox-w32BusyBox for Windows ~117 tiny Unix utilities in one executable~BusyBox
Bioinformatics Shell Scripting, Writing Pipelines, and Parallelizing Tasks
プログラミング学習サイト
ドットインストール
Progate
Schoo
paizaラーニング
Macで使用しているソフトウェア・アクセサリー
VMWare Fusion(Mac上でWindows、使いやすい、有料)
TotalFinder(Finderのタブ化、シングルライセンス$9)OS X Mavericks+TotalFinderで最強のWタブが爆誕した!
KaleidaGraph(グラフ作成、データ解析、有料)チュートリアル
Super Mjograph(グラフ作成、使いやすい、Mac版あり、試用期間中は無償)WikiForum
CLiDE(文書や画像から化学構造式を抽出し、編集可能にするOCRソフト、有料)サポート情報
ODYSSEY(化学の授業/学習用パッケージソフトウェア、有料)
OnyX(メンテナンスソフトウェア、フリーウェア)Mac OS Xの定期的なメンテナンス方法「OnyX」の使い方Macの定番ユーティリティ/メンテナンスアプリ「Onyx」がOS X Yosemiteに対応
Skype(無料通話、フリーウェア)
FileZilla(ファイル転送、計算サーバとの接続に、フリーウェア)
CyberDuck(ファイル転送、WEBサーバとの接続に、フリーウェア)
SeaMonkey(HTMLファイルの編集に、フリーウェア)
ImageJ(画像処理ソフト、フリーウェア)ImageJマニュアル:チュートリアルと実例 - ImageJ日本語情報imageJでバンドパターンを測るImageJの日本語訳~Techniques~ImageJの日本語訳~Analyze~ImageJによるCBB SDS-Page ゲルの検量線の作成ImageJを用いたデジタル画像処理BioTechnicalフォーラム [ ImageJ or NIH imageの使い方]細胞生化学実験 A - ImageJ_ex3.pdf(pdf)鶏肋雑記 シグモイド曲線(グラフ機能を利用したIC50などの求め方が記載) 
PDF Split and Merge(PDFファイルの分割と結合、フリーウェア)
Burn(CD/DVD作成、フリーウェア)
Apimac Timer(タイマー、フリーウェア)
THERON(サーマルテイク社製マウス、クリックが軽く疲労軽減、ブログ記事
電子実験ノート
List of ELN software packages
The 9 Best Electronic Lab Notebooks (ELN) Review for Your Research
2017 review of best electronic laboratory notebooks
Electronic lab notebooks: can they replace paper?(論文、pdf)
BIOVIA 電子実験ノート(有償)北海道大学の創薬研究施設で電子実験ノートを活用(pdf)
PerkinElmer E-Notebook(有償)富士通 E-Notebook Enterprise 解決課題
Chemotion(無償、論文
eLabFTW(無償)
糖尿病治療HP
糖尿病リソースガイド
医薬品開発情報HP・資料
日本医療研究開発機構(AMED)事業の案内
医薬品医療機器総合機構(PMDA)推進業務
日本製薬工業協会「製薬協メディアフォーラム」を開催 テーマは「最新のがん治療ーがん免疫療法ー」小中学生のためのくすり情報教育用教材医薬産業政策研究所リサーチペーパー創薬化学の側面から見た低分子医薬の将来像―低分子から中分子への広がり―(pdf)政策研ニュース製薬産業を取り巻く現状と課題〜よりよい医薬品を世界へ届けるために〜(pdf)
国立医薬品衛生研究所医薬品情報ガイド
BEAGLE-HC(多数のリンク有り)
知っていますか?「世界を救った日本の新薬」開発秘話
「史上最大の新薬“スタチン”の発見と開発」(pdf)
富士フイルム「アビガン錠」開発苦闘16年 「富山の薬売り」のDNAが、エボラから世界を救う
大阪から世界へ 「ポスト・タミフル」のインフルエンザ新薬 塩野義製薬が開発
15年間諦めなかった小野薬品 がん消滅、新免疫薬
ニボルマブ–日本の研究が生んだ抗体医薬(pdf)
夢の薬「オプジーボ」はこんなに効く〜皮膚がんに続き、肺がんにも保険適用
がん治療が変わる ~日本発の新・免疫療法~
本庶先生と小野薬品「苦節22年、ノーベル賞までの道のり」
免疫を抑制するがん細胞との闘い
がん免疫療法:基礎研究から臨床応用にむけて
宣伝文句に注意!「受けてはいけない」がん免疫療法がある
獲得免疫の驚くべき幸運
PD-1 を標的としたがん免疫療法
がん治療の大革命となるか? 極貧研究者が生んだ「光免疫療法」とは
医薬品創製物語
パリエット開発物語
アカデミアと企業との連携による創薬を促進するための課題と提言2017(pdf)
創薬研究開発の成功要因に関する研究 -R&Dマネジメント・モデルの導出-(pdf)
タクロリムス(FK506)開発物語(pdf)
日本の新薬創製物語 第7回:カナグリフロジン(pdf)
ライフサイエンス・ヘルスケア業界未来予想図〜2020年の姿とは?(pdf)
日本を支える創薬イノベーション(pdf)
分子標的治療薬概論(pdf)
がんのターゲットセラピーと創薬〜分子標的がん治療の最近の展開と創薬の可能性について〜(pdf)
抗がん剤の開発における薬効評価モデル系(pdf)
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バイオインフォマティクスの現状,問題点および今後の展望(pdf)
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