Tips for protein crystallography

Last modified on 16-May-2017

COOTの使い方

http://www.biop.ox.ac.uk/coot/
COOTの基本的な使い方をまとめたマニュアル(PDF)(構造生物学実習のテキスト@YCU)

MAC OSX 10.5 Leopard (Intel)へのインストール

Intel or PPC いずれの場合もコンパイルされたものをダウンロードし、それを展開するだけ。 ファイルは/usr/local/xtalにコピーする必要がある。 terminalで /usr/local/coot/bin/coot を実行すればCootが起動する。 アイコンクリックで起動するようにするには上記ホームページからCootAutoOpener.dmgをdownload & installすればよい。 起動しない場合、X11に問題があるかもしれない。 アプリケーション/ユーティリティー/X11をクリックしても起動しない場合は、MacOSforgeからX11-2.3.0.pkgをdownload & installすればよい。

PyMOLの使い方

http://www.pymol.org/

http://delsci.com/rel/099/

ラベルの入れ方(ステレオ表示)

label a/100/ca, "R100" << chain Aの残基番号100番のCA原子位置にR100とラベルを入れる。
setコマンドで、label_color, label_size (default=14)等を変更する。
もしくはSetting > Edit All...でパラメーターを編集する。
label_font_idは7か9がよさげ。(default=5)
微調整はメニューのMouseでマウスの設定をEditing mode (2 or 3 button)に変えて、Ctl+dragでラベルを移動させる。
ステレオ(Wall-Eye)にして、rayを実行。
ray 3000, 2000とか。
png filename.png
で書き出し、ラベルの色はphotoshopで好みの色に変更する。
自動選択ツールで文字を選び、編集>塗りつぶし で色を指定する。

ワームモデル(Worm model)の書き方

コマンドラインでcartoon loop, chain a+bと入力すれば、chainごとにcartoonのタイプを指定できる。 Setting > Edit All..でパラメータ指定するか、setコマンドを使ってパラメータを入力する。

show cartoon, chain a+b
set cartoon_loop_radius=0.2
set stick_radius=0.2     << loopと太さをそろえるときれい
set stick_ball=on
set stick_ball_ratio=1.2   << molscriptのようにball-and-stickが好きな人はこれで
cartoon loop以外に、cartoon tubeもある。お好みで。
原子ごとにSphere(球)の大きさを変えてみる

set sphere_scale,0.5, chain s << chain sの球の大きさだけ0.5になる

マップ(電子密度)の表示

CCP4形式の電子密度を用意する。今回は2fofc.ccp4。拡張子は.ccp4にする必要あり?

load refmac2.pdb
load 2fofc.ccp4,map1
isomesh msh1,map1,1.0
isomesh msh1,map1,1.0,resid 666 and chain a,carve=2.0
set mesh_width = 0.5 (適当に)

お好み色の指定

Setting > Colors...を開きRGBの値を0-1の範囲で指定し、色に名前をつけてApply。 その後このSessionではその色を指定できる。

2次構造の設定

PyMOLで二次構造を設定する場合、以下のようなコマンドを入力し、cartoon表示すればよい。

alter a/12/, ss='l'
alter a/13:22/, ss='s'
alter a/23:32/, ss='l'
alter a/33:40/, ss='s'
alter a/41:42/, ss='l'
alter a/43:46/, ss='s'
alter a/47:54/, ss='l'
alter a/55:63/, ss='s'
alter a/64:65/, ss='l'
alter a/66:74/, ss='s'
alter a/74:76/, ss='l'
alter a/77:88/, ss='s'
alter a/89:90/, ss='l'
alter a/91:99/, ss='s'
alter a/100:106/, ss='l'
alter a/107:114/, ss='h'
alter a/115:122/, ss='l'
hide all
show cartoon

構造の重ね合わせ

align a/*/ca, b/*/ca Cα原子でA chainをB Chainに重ねる。親切にRMSDも出力される。

align a/*/ca x/*/ca, b/*/ca y/*/ca
複合体同士を重ねることもできる。
オブジェクト名で重ねる

align aaa, bbb
aaaが動いてbbbに重ねられる。(bbbは動かない)

水素結合などの点線を作る

メニューから、Wizard > Measurementを選択後、原子を2つクリックすると結合を示す点線と結合距離が出る。
Rayを実行したときに、丸っこい点線にしたいなら、例えば、
set dash_gap=0.5
set dash_length=0.01
set dash_width=3
set dash_color=orange
お好みで適当に変えると良い。
結合を切る

Ctlを押しながらマウスの中ボタンで原子2つをクリック (それぞれpk1, pk2と名付けられる).
コマンド入力で
unbond pk1, pk2

NMR構造の表示

set all_states
でPDBに含まれる全てのアンサンブルが表示される
set split_states オブジェクト名
でアンサンブルが分離されたオブジェクトになる

ヘリックスの幅とか

fancy_helixの場合
set cartoon_fancy_helices,on
set carboon_dumbbell_length,1.2 とか(defaultは1.6)

イラスト風なレンダリング

set ray_trace_mode,2
set antialias,2
ray

背景を透明にray

set ray_opaque_background, off
を入力後、rayを実行
対称分子の出し方

symexp sym,set,set,5.0
set.pdbのまわり5Aにある対称分子を表示する。
show cell
で、格子も表示される。

MOLSCRIPT

意外に面倒なジスルフィド結合

set bonddistance 2.6; ball-and-stick either require in residue A3 and either atom CA, atom CB or atom SG or require in residue A20 and either atom CA, atom CB or atom SG;
ball-and-stick either require in residue A7 and either atom CA, atom CB or atom SG or require in residue A22 and either atom CA, atom CB or atom SG;
ball-and-stick either require in residue A15 and either atom CA, atom CB or atom SG or require in residue A32 and either atom CA, atom CB or atom SG;

SOLVE/RESOLVE

http://solve.lanl.gov/